Προκειμένου να ξεπεραστούν περιορισμοί που πηγάζουν από τον όγκο, τη μεγάλη συχνότητα λήψης αλλά και την ανάγκη χρήσης ειδικών λογισμικών η Περιφέρεια διαθέτει τα δεδομένα έτοιμα προς χρήση από τον καθένα μέσω ηλεκτρονικών υπηρεσιών αλλά και μεμονωμένων εφαρμογών. Οι εφαρμογές έχουν αναπτυχθεί με χρήση Ελεύθερων Λογισμικών/Λογισμικών Ανοικτού Κώδικα (ΕΛ/ΛΑΚ) και διατίθενται ελεύθερα. Επιπρόσθετα, παρέχεται η δυνατότητα πρόσβασης στις υπηρεσίες μέσω Προγραμματιστικής Διεπαφής Εφαρμογών (API).
Η ΥΓεΠ της Περιφέρειας Κρήτης αποτελείται από 2 βασικά υποσυστήματα.